Отдел осуществляет следующие функции:
1) своевременная регистрация хозяйственных операций в регистрах бухгалтерского учета на основании первичных документов, в соответствии с действующим законодательством Кыргызской Республики в области бухгалтерского учета;
2) ведение документооборота в соответствии с нормативными правовыми актами Кыргызской Республики, регулирующими делопроизводство, архивное дело, внутренними положениями Госстроя;
3) начисление и выплата заработной платы служащим в соответствии с действующим законодательством, договорами найма, внутренними документами по приему на работу и документами по учету рабочего времени;
4) удержание с выплат по заработной плате налогов и страховых взносов в соответствии с налоговым законодательством и законодательством по государственному социальному страхованию;
5) осуществление контроля за соблюдением утвержденных бюджетов по всем источникам финансирования;
6) обеспечение руководителя бюджетного учреждения информацией об объемах и целевом характере фактического исполнения утвержденного бюджета центрального аппарата;
7) ежеквартальное проведение сверки по остаткам денежных средств на расчетных счетах в системе Казначейства с данными бухгалтерского учета и при наличии расхождений своевременно вносить необходимые корректировки;
8) проведение сверки по всем дебиторам и кредиторам на 31 Декабря каждого года остатков дебиторской и кредиторской задолженности в письменной форме;
9) обеспечение инвентаризационной комиссии всеми бухгалтерскими данными, необходимыми для проведения инвентаризации активов, внесение необходимых корректировок в регистры бухгалтерского учета по результатам проведенной инвентаризации;
10) осуществление контроля за своевременным предоставлением и правильным оформлением материальных и авансовых отчетов работников бюджетного учреждения;
11) подготовка финансовой отчетности, отчетности об исполнении бюджета, статистической отчетности, налоговой отчетности и отчетности по страховым взносам;
12) соблюдение требований действующего законодательства Кыргызской Республики в области бухгалтерского учета и отчетности;
13) участие в разработке и реализации плана мероприятий по противодействию коррупции системы бухгалтерского учета и отчетности образовательных организаций;
14) иные функции в соответствии с законодательством Кыргызской Республики.